套期保值可以大体抵销现货市场中价格波动的风险，但不能使风险完全消失，主要原因是存在“基差”这个因素。要深刻理解并运用套期保值，避免价格风险，就必须掌握基差及其基本原理。
1．基差的含义
基差是指某一特定商品在某一特定时间和地点的现货价格与该商品在期货市场的期货价格之差，即：基差＝现货价格一期货价格。例如，假设九月28日黑龙江省的一个大豆产地现货价格1810元/吨，当日的下年度三月份大商所大豆期货合约价格是1977元/吨，则基差是-167元/吨。又如，九月28日上海地区的油脂厂买进大豆，当地的现货价格是2080元/吨，那么，基差为+103元/吨。
由此可知，基差可以是正数也可以是负数，这主要取决于现货价格是高于还是低于期货价格。现货价格高于期货价格，则基差为正数，又称为远期贴水或现货升水；现货价格低于期货价格，则基差为负数，又称为远期升水或现货贴水。
基差包含着两个成份，即分隔现货与期货市场间的“时”与“空”两个因素。因此，基差包含着两个市场之间的运输成本和持有成本。前者反映着现货与期货市场间的空间因素，这也正是在同一时间里，两个不同地点的基差不同的基本原因；后者反映着两个市场间的时间因素，即两个不同交割月份的持有成本，它又包括储藏费、利息、保险费和损耗费等，其中利率变动对待有成本的影响很大。
由此可知，各地区的基差随运输费用而不同。但就同一市场而言，不同时期的基差理论上应充分反映着持有成本，即持有成本的那部分基差是随着时间而变动的，离期货合约到期的时间越长，持有成本就越大，而当非常接近合约的到期日时，就某地的现货价格与期货价格而言必然几乎相等，而农产品、矿产品等的基差将缩小成仅仅反映运输成本。
2．基差与套期保值
当我们最初讨论套期保值时，我们假设现货市场与期货市场的价格变动完全一致。但实际上这种理想状态很少发生。现货市场状况可能会引起市价的涨落，但不易影响更远交割月份的期货合约价格。而且，当地状况会影响当地现货市场的价格，而反映全国或国际状况的期货价格却不受影响。理想状态的套期保值，在整个保值过程中基差保持不变。这样，如果开始套期保值时玉米的现货价和九月份玉米期货的差额是50元/吨，在套期保值进行完好的情形下，当套期保值完成玉米卖出去以后，基差应仍是50元/吨。
但是，实际上，基差在不断的变动中，而且会导致套期保值者利润的增加或减少。导致现货价格与期货价格的差异变化的因素是多种多样的。第1，现货市场中每种商品有许多种等级，每种等级价格变动比率不一样。可是期货合约却限定了一个特定等级，这样，也许需套期保值的商品等级的价格在现货市场中变动快于合约规定的那种等级。第2，当地现货价格反映了当地市场状况，而这些状况可能并不影响显示全国或国际市场状况的期货合约价格。第3，当前市场状况对更远交割月份的期货价格的影响小于对现货市场价格的影响。第4，需套期保值的商品可能与期货合约规定的商品种类不尽相同。比如布匹生产商，可能用棉花期货代替纱线进行套期保值交易，但纱线的生产成本、供求关系并不与棉花的一样，因此其价格波动可能与棉花价格不一致。
套期保值的另一个限制是期货合约规定具体交易量，它可能与所需套期保值的库存量存在差异。比如，有一家油脂厂希望出售184吨豆粕，这时，这家工厂只能通过卖出18手豆粕合约对184吨进行保值，有4吨不能保值，如果这家工厂决定卖出19手合约，那么多出来的6吨将成为投机性交易。不管怎样，总有一些风险不能转移。
这样，套期保值没有提供完全的保险，但是，它的确大大减少了与商业相联系的价格风险。套期保值基本上是风险的交换，即以价格波动风险交换基差波动风险。
对于套期保值者来说，期货价格与现货价格的变动因为大体上的趋势是一致的，因而，实际上可以无须关心期货价格变动的趋势。而两种价格变动的时间和幅度是不完全一致的，也就是说，在某一时间的基差是不确定的，所以，这一点，对套期保值者甚或对于投机者来说，是必须密切关注的最重要因素了。正因为如此，套期保值并不是一劳永逸的事，基差的不利变化也会给保值者带来风险。