全价交易的缺陷在于其交易价格无法体现国债的内在价值。

过去深、沪国债现券买卖都是以全价的价格进行报价。以十二月31日深市101966券收盘价格为例，145.99元的全价＝139.48元的净价＋6.51元的应计利息额。

由于全价交易时国债的报价包含着应计利息的价格，而影响应计利息的因素较为复杂，会随着券种的不同（如是零息国债还是附息国债）、票面利率的不同、已计息天数的增加而发生变化，容易对债券投资人产生误导，使其无法准确判断国债的内在价值。

同样以深市101966券为例，之所以净价会从面值100元上升到139.48元，主要是因为1996年发行时的利率大大高于现在的国债市场利率。

实行净价交易，如果一只100元面值的新券，年利率为4%，那么，其发行第1天的理论净价，即排除供求关系和市场利率变动对该券净价的影响，应为100元，应计利息额为0元。此后随着时间的增加，应计利息额也同步增长，半年以后，其理论净价仍然为100元，应计利息则由0元增加至2元。如此一来，投资人可以更加方便地计算出国债投资的收益率。

在净价交易条件下，由于国债交易价格不含有应计利息，其价格形成及变动能够更加准确地体现国债的内在价值、供求关系及市场利率的变动趋势。